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Conference papers

Alignement multiple progressif, alliant stratégies globale et locale

Résumé : Malgré l'efficacité croissante des programmes d'alignement multiple, ClustalW reste l'algorithme le plus utilisé de par son bon compromis entre temps de calcul et précision. Nous proposons de développer un algorithme progressif de type Clustal en y ajoutant les avantages d'une stratégie mixte, c'est-à-dire alliant locale et globale. Pour cela, nous introduisons la classification pyramidale au lieu du Neighbor-Joining, pour remplacer l'arbre de guidage. Un exemple simple est utilisé pour illustrer cette nouvelle méthode.
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https://hal-supelec.archives-ouvertes.fr/hal-00261984
Contributor : Evelyne Faivre <>
Submitted on : Monday, March 10, 2008 - 3:47:49 PM
Last modification on : Tuesday, June 30, 2020 - 4:04:07 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-00261984, version 1

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Citation

Laure Vescovo, Géraldine Polaillon, Jean-Loup Risler, Jean-Christophe Aude. Alignement multiple progressif, alliant stratégies globale et locale. 5èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques. (JOBIM 2004), Jun 2004, Montréal, Canada. pp.6-7. ⟨hal-00261984⟩

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